SILAC+IP-MS-蛋白質(zhì)互作定量分析整體服務(wù)簡(jiǎn)介:
利用IP純化蛋白質(zhì)復(fù)合物時(shí),除了能捕獲到Target蛋白及其互作蛋白之外,細(xì)胞中一些與抗體/抗體偶聯(lián)材料(agarose、magnetic beads等)高親和的蛋白質(zhì)也會(huì)被一起捕獲下來(lái)(非特異性粘附蛋白),并且這些蛋白都是高豐度的。故而,在后續(xù)的LC-MS鑒定時(shí),這些非特性的蛋白質(zhì)會(huì)被高頻率的檢測(cè)到。這就帶來(lái)了一個(gè)很困擾的問(wèn)題:由于沒有定量信息,在眾多鑒定到的蛋白質(zhì)中,如何才能排除非特性的粘附蛋白,找出真正的、與target特異性互作的蛋白。
將SILAC和IP技術(shù)相結(jié)合,借助SILAC引入質(zhì)量差異,IP完成后,蛋白質(zhì)復(fù)合物通過(guò)LC-MS分析,可同時(shí)完成定性(即鑒定,給出樣品中有那些蛋白質(zhì))和定量(給出每個(gè)蛋白質(zhì)被IP富集的相對(duì)程度)。根據(jù)定量結(jié)果結(jié)合軟件統(tǒng)計(jì)分析,即可直接區(qū)分出那些是target特異性的相互作用蛋白(SILAC ratio>1.0),那些是非特異性的粘附蛋白(SILAC ratio=1.0)。從而快速篩選和鎖定特異性的相互作用分子,后續(xù)生物學(xué)驗(yàn)證成功率明顯提高。
技術(shù)和實(shí)驗(yàn)方案”高、大、上“,能顯著提高文章的檔次。
整體服務(wù)方案:
客戶只需提供基因名稱和細(xì)胞株即可,我方負(fù)責(zé)完成后續(xù)所有實(shí)驗(yàn),包括:
基因克隆與慢病毒制備。
穩(wěn)定細(xì)胞株構(gòu)建與鑒定。
細(xì)胞SILAC標(biāo)記及標(biāo)記效率檢測(cè)。
細(xì)胞擴(kuò)增培養(yǎng)。
IP純化蛋白質(zhì)復(fù)合物并SDS-PAGE分離。
切割條帶,LC-MS測(cè)試分析。
MS數(shù)據(jù)定性和定量分析,依據(jù)SILAC的定量值(SILAC ratio)篩選潛在的互作蛋白。
挑選潛在的候選驗(yàn)證蛋白(6個(gè))進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證。承諾6個(gè)驗(yàn)證蛋白,至少給出1個(gè)陽(yáng)性的互作。
參考文獻(xiàn):
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Proc Natl Acad Sci U S A 2014, 111(51):18219-18224.
Science 2013, 340(6131):475-478.
Nat Cell Biol 2013, 15(6):625-636.
15021202164
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